ISMEA gestisce due fondi di garanzia per l'agricoltura. Il primo fondo fornisce, previa istruttoria preventiva, garanzie dirette, compatibili con gli standard di Basilea 2, finalizzate ad integrare le garanzie fornite dalle PMI a fronte dei finanziamenti bancari e, tramite la riduzione dell'assorbimento del patrimonio di vigilanza della banca erogante, a ridurre il costo per interessi del finanziamento garantito. Ai sensi di quanto previsto dal DM del MEF del 24/3/2006, ISMEA beneficia - per gli impegni di garanzia che assume nel corso della sua attività - della controgaranzia dello Stato, che conferisce, alla garanzia dell'Istituto, la massima qualità in termini di protezione dal rischio di credito. Il secondo fondo rilascia automaticamente garanzia sussidiaria e mutualistica su tutti i finanziamenti a breve termine che fruiscono di una agevolazione pubblica e su quelli a medio e lungo termine anche privi di una agevolazione. I finanziamenti devono essere erogati ai sensi dell'art. 43 del TU Bancario (TUB, Dlgs 385/1993).