L'Ismea ha attuato, a partire dal 2002, un Sistema di Gestione Qualità conforme alla norma UNI EN ISO 9001:2008 relativamente all'attività di rilevazione dei prezzi sui mercati agricolo, alimentare, florovivaistico ed ittico.
Dal marzo 2006, oltre a mantenere il sistema già avviato, ha implementato la gestione in qualità estendendo la certificazione anche all'attività di Riordino Fondiario. L'attestazione di conformità alla norma per la gestione dei due Processi Primari da parte dell'organismo certificatore Certiquality, ha richiesto all'Istituto di gestire in coerenza anche i processi di supporto, quali ad esempio gli Approvvigionamenti e la Gestione delle Risorse Umane ed Infrastrutturali.
Nel 2011 si è aggiunta la certificazione del processo "Servizi per la concessione di agevolazioni per il Subentro in agricoltura".
L'obiettivo è sempre quello di offrire il miglior servizio facendo percepire all'utente una qualità costante, puntuale e rassicurante.
I processi Ismea certificati sono: