L'Ismea ha attuato a partire dal 2002 un Sistema di Gestione Qualità conforme alla norma UNI EN ISO 9001:2000 relativamente all'attività di rilevazione dei prezzi sui mercati agricolo, alimentare, florovivaistico ed ittico.
Dal marzo 2006, oltre a mantenere il sistema già avviato, ha implementato la gestione in qualità estendendo la certificazione anche all'attività di Riordino Fondiario. L'attestazione di conformità alla norma per la gestione dei due Processi Primari da parte dell'organismo certificatore Certiquality, ha richiesto all'Organizzazione di gestire in coerenza anche i Processi di Supporto, quali ad esempio gli Approvvigionamenti e la Gestione delle Risorse Umane ed Infrastrutturali.
Oggi per Ismea lavorare in qualità significa predisporre procedure finalizzate a standardizzare i flussi di attività dei propri processi evidenziandone input, output e relazioni con l'obiettivo di offrire sempre il miglior servizio facendo percepire all'utente una qualità costante, puntuale e rassicurante.